Předmětem hlavní činnosti Archeologického ústavu AV ČR, Brno, v. v. i. je vědecký základní výzkum, realizovaný na bázi archeologických pramenů, a to v oblasti pravěkých a časně středověkých dějin především na území Moravy a českého Slezska, ale i v širším geografickém prostoru středního Podunají.

Tři základní institucionální vědecko-výzkumná střediska, orientovaná na výzkum paleolitu a paleoetnologie, výzkum doby římské a stěhování národů a konečně na slovanskou a středověkou archeologii, doplňují oddělení zabývající se vybranými kapitolami moravskoslezského pravěku a archeologickou prospekcí.